“他是一个有才能的忠臣，成祖对杀他很后悔。”
又因为卓敬已经被表墓建祠，朱由检下令道：
“卓敬是忠臣，应该建祠表彰，礼部要追赠谥号，给于应有待遇。”
“大明无夷三族之律，若是他有后人存在，朕当封爵补偿。”
这个态度，让为建文君臣翻案的臣子，心情陡然一松。
因为皇帝这个态度，明显还是要为建文君臣翻案的，只是对一些讹传的事情不认可。
礼部尚书温体仁这时也明白了皇帝的想法，主动出言说道：
“方孝孺同样是忠臣，但是被诛十族之事，却是子虚乌有。”
“臣以为当正本清源之后，再为方孝孺追谥。”
朱由检点头认可，他知道自己必须妥协。
方孝孺在民间的影响力很大，包括刘宗周等人，都称赞他的节义。
如果不追赠他，建文君臣的事就会没完没了，永远不会停歇。
所以他才决定正本清源，把事情明明白白地说出来。
就算是承认成祖杀戮太过，也好过任由诛十族流传。
怀着这个想法，朱由检道：
“方孝孺的事情，要明明白白理清。”
“待到查清楚后，彻底做出结论。”
“成祖当时的株连，或有滥用刑罚之处。”
“方孝孺的后人如能确认谱系，朕当封爵补偿。”
“他和卓敬一样，都是建文君的忠臣。”
这个态度，让刚才凝重的氛围，更加轻松起来。
刘宗周请求道：
“诛十族的事情，虽然子虚乌有。”
“但是相关图书，却不能一概查禁。”
“臣以为可由朝廷修订，用新出版的图书，代替有错误的旧版。”
朱由检点头认可，知道查禁所有涉及方孝孺的图书，阻力会大到根本无法实行。
所以他下令道：
“有关方孝孺等建文君臣的图书和文章，以后要以官方正史为准。”
“凡是与此抵牾者，应当尽皆修订，否则不准流传。”
“有擅自编造事迹流传者，追夺出身以来文字，审订所有图书，本人流放海外。”
“例如李贤、祝枝山这两个编造事迹的始作俑者，都要追夺出身和封赠，所著图书都要修改后才能流传。”
这个惩罚，相比之前的完全查禁松了一些，却仍让很多人心惊。
尤其是对李贤和祝枝山的惩罚，在大明前所未有，让一些文人皱眉，本能地就要劝谏。
不过朱由检却不给他们说话的机会，盯着资政大臣朱国祯道：
“《三朝要典》之中，崔呈秀曾说"大狱未遂，《涌幢小品》先刊，此东林所由起于诡遇，盛于标榜"。”
“如今《三朝要典》正在重新编撰，《涌幢小品》有什么说法呢？”
“朱卿你来说说！”
《涌幢小品》是朱国祯的作品，是在天启年间出版的，被阉党借题发挥。
朱国祯听到皇帝引用阉党崔呈秀的言语，还把自己《涌幢小品》和《三朝要典》相提并论，一时怒气勃发，忍不住就要争辩。