在经过仔细盘算之后，郑芝龙将出发的日子定在了农历立夏这天，即1632年五月五日，争取赶在梅雨季节到来之前完成这次大规模的逃亡行动。
郑芝龙没有急于公开宣布这个消息，因为他也知道手下龙蛇混杂，岛上肯定会有福建官府的奸细，也保不齐有那贪图富贵之徒，听到消息之后就会叛逃报信。因此他定下计划之后，也只是告知了大头目当中的郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤、洪旭、甘辉、施大瑄等几个家人和亲信。类似李魁奇、何斌、郭怀一等貌合神离的头目，郑芝龙连半点口风都没有露。
不过世上没有不透风的墙，尽管郑芝龙试图将秘密保守到出发之前两三天才公开宣布，但由于十八芝内部的保密制度并不严格，相关的消息还是在几天后就传扬开了。对于前途惶惶不安的海盗们在得知郑芝龙已经下定决心不作抵抗就放弃澎湖之后，人心更是难以再凝聚到一起。
4月28日，海盗头目何斌、郭怀一率部叛逃，一下子拉走了六十多条船和近千人。他们并没有选择前往福建投降，而是去往了大员港，选择投靠荷兰人。在他们看来，荷兰人在大员港所兴建的热兰遮城已经初具规模，远比跑到千里之外的陌生荒岛上可靠得多。
既然福建官府愿意主动出力解决海汉力有不逮的后勤运输问题，那么海汉这边也的确就没什么其他的后顾之忧了。剩下来需要讨论的，就是双方如何在行动当中能协调一致，做到令行禁止。
这种跨阵营的指挥体系在大规模作战中无疑是一个难题，而且此次战场是无边无际的大海，各支部队之间的联络通信手段往往只能依靠旗语和烟火，战场上的沟通效率也会受其影响。去年两次在南日岛海域作战期间，海汉海军和福建水师多数时候都是分开行动，一个很重要的原因就是因为双方在指挥体系上的差异没办法在短时间内得到融合。
不过南日岛战役之后的半年多时间里，福建水师倒是有了不少机会和驻金门岛的民团海军一起合练。加上福建明军中本来就有不少将官曾经接受过海汉的短期军事培训，合练起来进度倒也不慢。时至今日，提前数月到金门岛与海汉海军合练的数艘海汉造战船已经基本能够跟上海汉的节奏了。
但这也仅仅只是福建官府此次参战的其中一支军队而已，此次将要出动参战的船只将多达三百余艘，与海汉海军提前进行过合练的不过十之二三。当然了，福建水师并没有这么多战船可用，其中有一多半是从漳泉两州临时征调的民船，在战时充当运送士兵和物资的工具。而这些临时征调的船只在此之前并没有经过专门的训练，福建水师所能做的也就只是派出一些水兵到这些船上去担任领航和指挥。
如果在海上爆发大规模的混战，这些船只未必能如臂指使地发挥出应有的作用，反倒是容易因为沟通不畅而拖了自己人的后腿。因此在开战之前，双方就必须要先商定一些战时沟通、辨识身份以及处理突发状况的办法。